Em busca de um zagueiro experiente para 2016, o Santos fez uma consulta ao Cruzeiro por Manoel, mas recuou após saber que o clube mineiro não tem interesse em liberar o jogador. A não ser por uma "proposta irrecusável".

Com a saída de Werley e a grave lesão muscular de David Braz, o Peixe pode começar o Campeonato Paulista com apenas três opções para a zaga - Gustavo Henrique, Paulo Ricardo e Leonardo. Com dificuldades no mercado após não evoluir as negociações com Gum, Pedro Geromel e Alan Costa, o clube estuda promover o jovem Lucas Verissimo ao profissional e reintegrar Jubal, que retorna de empréstimo ao Avaí.

A Raposa liberou Paulo André para o Atlético-PR, em troca do atacante Douglas Coutinho, e conta com Manoel para a defesa. O estafe do zagueiro garante que o atleta de 25 anos só deixaria o clube mineiro para o futebol europeu.

Revelado pelo Atlético-PR e desde 2013 no Cruzeiro, Manoel fez 48 partidas na temporada, com um gol marcado. O zagueiro terminou o ano como titular sob o comando do técnico Mano Menezes.