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O governo da Bolívia suspeita que uma relação de parentesco tenha facilitado a concessão de licença para a LaMia operar voos domésticos e internacionais. A licença, concedida pela Direção Geral de Aeronáutica Civil (DGAC) em janeiro de 2016, teria sido assinada pelo diretor-executivo Édgar Pereira e também pelo diretor Gustavo Vargas Villegas.
Villegas é filho de Gustavo Vargas, um dos diretores e sócio da LaMia. Para o ministro boliviano de Obras Públicas, Milton Claros, é possível identificar um conflito de interesses no procedimento.
- Já existe um grau de conflito de interesses porque a certificação de matrícula da LaMia, emitida em 19 de janeiro de 2016, foi assinada por ele (Villegas) e pelo diretor executivo Edgar Pereira. Este senhor (Villegas) teve que atuar e, por questão de integridade pessoal, deveria haver se declarado impedido - declarou Claros ao jornal "El Deber".
Villegas, detido na tarde de quinta-feira em La Paz e levado para prestar depoimento, defendeu-se das acusações e disse que não tinha autoridade para conceder licenças. O ex-diretor do DGAC, afastado do cargo após a tragédia da Chapecoense, seguirá detido até a realização de uma audiência cautelar, o que deve acontecer nos próximos dias.
Já o pai de Villegas, o sócio da LaMia Gustavo Vargas, foi mandado para o presídio de Palmasola, em Santa Cruz de la Sierra, após a realização de sua audiência de medidas cautelares, na quinta-feira. Vargas está preso desde terça-feira. Na audiência, que durou quase nove horas, o ex-piloto da Força Aérea Boliviana chamou de "mentirosos" os promotores do Ministério Público responsáveis pelo caso.
Vargas afirmou ainda que permaneceu no país de boa fé, porque "seria fácil escapar e desaparecer". As autoridades bolivianas ainda seguem atrás do paradeiro de outro sócio da LaMia, Marco Rocha Venegas, que deixou a Bolívia uma semana antes do trágico voo da Chapecoense. Registros migratórios indicam que Rocha viajou para o Paraguai - havia, inicialmente, a suspeita de que estivesse na Colômbia.